В Хогвартсе

Гарри начинает частные уроки с Даблдором, на которых директор Хогвартса демонстрирует ему свои воспоминания в Омуте Памяти, касающиеся Волан-де-Морта. Гарри видит, что Дамблдор прячет свою правую руку. Он узнает о семействе Мраксов, потомков Салазара Слизерина: старике Марволо и его детях, Меропе и Морфине. Меропа, влюбившаяся в богатого магла Тома Реддла, попыталась его приворожить, но Том в конце концов бросил её беременную. Меропа Реддл (они успели обвенчаться) родила мальчика, который стал потом Тёмным Лордом. Маленький Том Реддл вырос в магловском приюте, куда из последних сил добралась умирающая нищая Меропа. Пришедший через 11 лет за мальчиком Альбус Дамблдор (он уже тогда работал в Хогвартсе) узнал от приютского начальства, что Том — очень странный и внушающий страх ребёнок. Юный Реддл принят в Хогвартс. Он стал лучшим учеником, но тянулся к тёмной магии, входил в Клуб Слизней Слизнорта и потихоньку сколачивал армию Пожирателей смерти.

При походе в Хогсмид Гарри, Рон и Гермиона становятся свидетелями проклятия, наложенного на Кэти Белл с помощью серебряного ожерелья (которое она должна была передать Дамблдору). Гарри уверен, что это ожерелье Кэти передал Малфой, но доказательств у него нет.

Гарри теперь стал капитаном команды по квиддичу и тренирует новую сборную Гриффиндора, а потом начинает встречаться с Джинни Уизли, новым охотником в команде.

Вскоре происходит ещё одно покушение на жизнь. Рон Уизли едва не умер, выпив отравленную медовуху, тоже предназначавшуюся Дамблдору.

Во время занятий с Дамблдором в омуте памяти Гарри видит разговор Слизнорта и Реддла про крестражи, но это воспоминание явно подправлено. Дамблдор даёт задание Гарри заполучить настоящие воспоминание Слизнорта.

Кикимер и Добби тем временем отправляются следить за Малфоем по заданию Гарри (тот подозревает, что Драко затеял что-то плохое).

Полумна Лавгуд идёт вместе с Гарри Поттером на вечеринку Клуба слизней. Там Гарри подслушал разговор Снегга с Малфоем, где Снегг осуждает Малфоя за его действия, предлагает помощь и рассказывает о Непреложном Обете, данном его матери.

На Рождество Гарри, Рон и Джинни отправляются в «Нору». Там к нему приходит министр магии Руфус Скримджер и спрашивает, куда уходит из школы Дамблдор и просит Гарри сотрудничать с ним и публично объявить о поддержке Министерства Магии. Гарри сразу отказывается это сделать. После Рождества Гарри с друзьями возвращается в Хогвартс, где Хагрид сообщает, что умер Арагог, его гигантский паук, и просит своих друзей прийти на похороны.

Гарри выпивает зелье удачи и говорит Слизнорту, что у Хагрида умер акромантул. Гораций говорит, что пойдёт вместе с мальчиком, потому что ему нужен яд паука. После похорон Хагрид и Слизнорт напиваются и расчувствовавшийся Гораций отдает Гарри настоящие воспоминания. Вернувшись в замок, Гарри отправляется к Дамблдору.

Там Гарри и Дамблдор смотрит воспоминания Слизнорта, в которых он рассказывает Реддлу про крестражи, вещи, в которые можно заключить кусок своей души, и тогда, в случае смерти тела человека, его душа не умрёт, и человек будет жить. Но это очень сложная и очень тёмная магия, которую решили применить единицы из волшебников, ведь чтобы создать крестраж, нужно совершить убийство и расколоть свою душу. Но это был путь к бессмертию, к которому так стремился Реддл. Дамблдор сказал Гарри, что за всю историю лишь несколько волшебников создали себе один крестраж, а Волан-де-Морт решил создать целых семь (из-за магической силы числа). Причём он не хотел использовать для крестражей обычные вещи, он хотел использовать магические, богатые и исторические артефакты. Дамблдор говорит, что Волан-де-Морт создал таки семь крестражей, и именно благодаря ним выжил после нападения на годовалого Гарри. Поттер в ужасе: получается, что пока Волан-де-Морт бессмертен, а, чтобы лишить его бессмертия, нужно найти и уничтожить все крестражи. Дамблдор его успокаивает: Реддл оставлял крестражи в символических для себя местах и делал ими особые вещи, так что найти их несложно, но Тёмный Лорд тщательно защитил их при помощи магии. Более того, Дамблдор предположил, что знает где, и что собой представляют все семь крестражей.

К тому же он обрадовал Гарри, что два из них уже уничтожены: одним из них оказался дневник Тома Реддла (который Волан-де-Морт отдал на хранения одному из своих ближайших соратников, Люциусу Малфою, но не объяснил ему, что это, поэтому Малфой решил подбросить его Джинни Уизли; этот крестраж уже уничтожен Гарри при помощи клыка василиска, это был первый крестраж, первый опыт Волан-де-Морта), а второй крестраж Дамблдор обнаружил в развалинах дома Мраксов, это было кольцо семьи Мраксов, очень древнее. Волан-де-Морт оставил его там и защитил мощнейшим заклятием. Дамблдор отыскал этот крестраж, но его правая рука пострадала от заклятия, однако Дамблдор уничтожил кольцо. Он высказал предположение по поводу остальных пяти крестражей: вероятно, Волан-де-Морт хотел использовать в качестве крестражей реликвии четырёх основателей Хогвартса. Одна из них известна — медальон Слизерина, который хранился в семье Мраксов. Ещё один — чаша Пуффендуй, которую Реддл украл у одной старой колдуньи. Также это была какая-то вещь Когтевран. А вот реликвию Гриффиндора Реддлу не удалось получить — меч Гриффиндора хранится в кабинете Дамблдора. Также в качестве крестража Волан-де-Морт может использовать свою змею — Нагайну. Ещё Дамблдор показал своё воспоминание, когда к нему, как к директору Хогвартса, пришёл молодой Волан-де-Морт и просил принять его в качестве учителя защиты от тёмных искусств. Но Дамблдор отказал ему. Тогда Волан-де-Морт проклял эту должность и никто дольше года на ней не продержался.

Поттер продолжает следить за Драко и становится свидетелем его истерики в туалете. Малфой завязывает дуэль с Гарри, но при помощи заклинания Сектумсемпра (о страшном действии которого Гарри не знал), прочитанного в книге Принца-полукровки, Поттер чуть не убивает Малфоя. Призрак Плаксы Миртл начинает кричать и в туалете появляется Снегг, он оказывает Драко первую помощь и отводит в больничное крыло. По возвращении Снегга, тот требует, чтобы Гарри показал ему все свои учебники. Гарри бежит в спальню Гриффиндор, привлекая к себе внимание мокрой окровавленной одеждой. Гарри в панике берет у Рона его экземпляр учебника зельеварения, а свой решает спрятать в выручай-комнате, проходя мимо нее. С третьего раза комната отвечает на его просьбу о помощи и открывает перед ним огромное помещение, похожее изнутри на целый город из всякого спрятанного хлама, который накапливался тут многими поколениями. Гарри проходит мимо исчезательного шкафа к буфету и прячет в нем учебник Принца-полукровки. А чтобы не потерять тайник, он ставит на буфет бюст, украшает его париком и (для большей заметности) венчает его старой тиарой (как окажется в конце седьмой книги, эта тиара — тот самый неизвестный крестраж Когтеврана, о котором Гарри еще и не подозревал). Гарри показывает Снеггу учебник Рона, но Снегг заметил на форзаце подпись «Рундил Уозлик» и понял, чей это учебник. Он до конца учебного года приговорил Гарри к еженедельному наказанию по субботам. Именно из-за этого Гарри пропускает финальный матч по квиддичу с когтевраном. Он не надеялся, что Гиффиндор выиграет кубок, так как разрыв в счете должен составить не менее 200 очков. Гарри вернулся к входу в гостиной и спросил полную даму о результате. Но она ему не дала однозначного ответа. Открыв дверь, Гарри услышал восторженные крики. Рон сообщил ему, что Гриффиндор победил 450:140. Тут же на Гарри бросается Джинни и он неожиданно для себя ее целует, вызвав всеобщее внимание.

От профессора Трелони Гарри узнаёт, что это Снегг подслушал часть её пророчества про Гарри и Волан-де-Морта, а значит из-за него Волан-де-Морт охотился за Поттерами и из-за него он убил родителей Гарри. Однако Дамблдор говорит Гарри, что Снегг раскаялся в содеянном и поэтому перешел на правую сторону, оставшись при Волан-де-Морте в качестве шпиона ордена Феникса (в седьмой книге выясняется, что Снегг был еще с детства влюблен в мать Гарри и пошел на такую храбрую измену Темному Лорду ради этой любви). Вместо очередного урока Дамблдор и Гарри отправляются в пещеру на побережье моря в Англии, где когда-то обнаружил свои магические силы Реддл, бывший здесь на экскурсии с приютом. Сюда Волан-де-Морт поместил один из крестражей. Он его тщательно защитил: крестраж был посреди озера, кишащего инферналами (живыми трупами, исполняющими приказы Волан-де-Морта, в данном случае — охранять крестраж), а чтобы достать крестраж, надо выпить зелье. Зелье пьёт Дамблдор, это отнимает его силы. Крестражем оказывается медальон. Гарри забирает его и они возвращаются в Хогсмид. Там Гарри видит, что над одной из башен Хогвартса висит знак Волан-де-Морта — чёрная метка. Несмотря на то, что Дамблдор очень слаб, оба волшебника, используя метлы, летят к школе.