Начало действия
Пожиратели смерти Яксли и Северус Снегг идут в особняк Люциуса Малфоя, где находятся Волан-де-Морт, другие Пожиратели Смерти, а также бывшая преподавательница магловедения в Хогвартсе. Снегг заявляет, что Орден Феникса не доверяет Министерству магии и мракоборцам, и Поттер будет перемещён в дом одного из членов Ордена Феникса в субботу. Яксли говорит, что по его информации Поттер будет перемещён позже, за день до своего совершеннолетия. Снегг утверждает, что сообщение, полученное Яксли, — дезинформация Ордена. Волан-де-Морт больше верит Снеггу.
Яксли также докладывает, что ему удалось наложить заклятие Империус на Пия Толстоватого, работающего в Министерстве Магии.
Волан-де-Морт убивает пленницу, оказавшейся профессором магловедения Хогвартса Чарити Бербидж, за то, что она учила студентов Хогвартса хорошо относиться к маглам. Также он отбирает волшебную палочку у Люциуса Малфоя, собираясь использовать её против Гарри Поттера (применению его собственной палочки мешает её родство с палочкой Гарри). Драко Малфой испуган и подавлен.
Тем временем Гарри Поттер собирается в дорогу (в день, о котором сообщил Снегг) и читает некролог Дамблдора за авторством Элфиаса Дожа, а также интервью с Ритой Скитер, рекламирующей свою книгу — биографию Дамблдора.
Согласно некрологу, за год до поступления Дамблдора в Хогвартс его отец, Персиваль, был посажен в Азкабан (где впоследствии умер) за жестокое и публичное нападение на трёх маглов. Альбус Дамблдор признавал, что его отец виновен, но говорить об этом отказывался.
Уже на первом курсе Дамблдор стал знаменит как самый блестящий студент, когда-либо учившийся в Хогвартсе. Автор также отмечает благородство юного Альбуса.
Дамблдор планировал отправиться в путешествие после окончания учёбы, но не смог, поскольку его мать Кендра умерла. Через некоторое время Дамблдора постигло ещё одно несчастье: умерла его сестра Ариана. Смерть Арианы привела к отчуждению между Альбусом и его братом Аберфортом, единственным оставшимся у него родственником.
В некрологе перечисляются дальнейшие достижения Дамблдора, главным из которых была победа над Грин-де-Вальдом в 1945 году.
Рита Скитер, напротив, пытается очернить Дамблдора. Среди прочего, она намекает, что он мог быть виновен в смерти сестры. Гарри не верит Рите Скитер и выбрасывает газету со статьёй про неё в мусорное ведро.
Приходит время в последний раз покинуть жилище Дурслей, при этом Гарри теряет защиту их дома. Гарри убеждает Дурслей также покинуть дом под защитой магов Ордена Феникса, опасаясь, что их схватят Пожиратели Смерти. Дурслей увозят Гестия Джонс и Дедалус Дингл в хорошо защищённое место. Дадли, к удивлению Гарри, прощается с ним доброжелательно. На прощание Дадли и Гарри пожимают друг другу руки. Перед самым уходом тётя Петунья хочет что-то сказать Гарри, но не осмеливается (впоследствии Дж. К. Роулинг сообщила в одном из своих интервью, что Петунья хотела сказать: «Я знаю, что ты задумал. Желаю тебе удачи»).
Вскоре прибывают члены Ордена Феникса и друзья Поттера, чтобы помочь ему добраться до нового убежища. Шестеро из них выпивают оборотное зелье, приняв облик Гарри для дезориентирования возможных преследователей, и отправляются в убежище, которое называется "Нора" в сопровождении защитников. Летят они на мётлах или фестралах. Настоящий Гарри летит с Хагридом на мотоцикле Сириуса. Уже при вылете на них нападает около трёх десятков Пожирателей Смерти, начинается погоня за каждой парой. Увидев среди врагов Стэна Шанпайка, Гарри атакует его заклинанием «Экспеллиармус», и Пожиратели понимают, что это настоящий Поттер — видимо, по характерному нежеланию убивать противника. За настоящим Поттером устремляется в погоню летящий по небу Волан-де-Морт и атакует его, волшебная палочка Гарри самостоятельно выполняет неизвестное ему колдовство, и палочка Люциуса Малфоя разрушается.
Хагрид и Гарри добираются до дома родителей Нимфадоры Тонкс, магически защищённого от Пожирателей смерти. Оттуда Гарри и Хагрид при помощи портала отправляется в Нору, где их ждёт Молли Уизли и Джинни. Туда же прибывают и прочие участники эвакуации, среди них есть убитые и раненые: Грозный Глаз Грюм убит Волан-де-Мортом, сова Букля — случайным попаданием Авада Кедавра, Джордж Уизли теряет ухо, попав под заклинание Сектумсемпра Северуса Снегга, Гарри теряет свою метлу «Молнию». Становится ясным, что Пожиратели смерти знали о времени эвакуации, видимо из-за наличия предателя в рядах Ордена. С этого момента члены Ордена начинают практиковать подозрение в каждом соратнике приспешника Волан-де-Морта под чужой личиной — для чего при ключевых встречах каждый вновь прибывший держится под прицелом палочек, пока не ответит на вопрос, ответ на который известен только настоящему подозреваемому.
Позднее Гарри чувствует, что Волан-де-Морт допрашивает Олливандера о том, почему разрушилась волшебная палочка Люциуса.
Гарри, Рон и Гермиона решают пробыть в «Норе» до свадьбы Билла и Флёр, затем отправиться на поиски крестражей. Они принимают меры к соблюдению секретности и защите своих близких. Семья Уизли маскирует упыря с чердака под тяжело больного Рона. Гермиона отправляет родителей в Австралию, создав им ложные воспоминания, будто у них нет дочери.
В Норе появляется министр магии Руфус Скримджер, чтобы отдать Гарри, Рону и Гермионе завещанные Дамблдором вещи. Рон получает делюминатор, Гермиона — книгу сказок барда Бидля, а Гарри — первый пойманный им снитч. Также Гарри завещан меч Годрика Гриффиндора, но Скримджер отказывается отдать артефакт под предлогом того, что он не принадлежал Дамблдору. Гермиона ко всему прочему догадывается, что подарки были задержаны Министерством на месяц ради поиска в них возможных тайных сообщений или артефактов от Дамблдора, после чего Гарри обвиняет Скримджера и Министерство магии в растрате усилий на междоусобицы с Орденом вместо открытых действий против Волан-де-Морта. Скриджмер даёт в руки Гарри снитч, рассчитывая на то, что он откроется, так как снитчи обладают телесной памятью. Но Гарри поймал его не рукой, а ртом поэтому он не открылся. После ухода Скримджера все трое не могут разгадать смысл подарков.
На свадьбе Билла Уизли Гарри пьёт оборотное зелье, чтобы его не узнали, и принимает облик соседского магла. На свадьбе Виктор Крам ссорится с Ксенофилиусом Лавгудом, отцом Полумны, приняв (как выясняется позже, ошибочно) странный знак на одежде Лавгуда — треугольный глаз в круге — за знак тёмного волшебника Грин-де-Вальда, хорошо известный в Дурмстранге.
Гарри знакомится с автором некролога Дамблдора и с тётушкой Рона — Мюриель, поклонницей Риты Скитер. Тётушка рассказывает дальнейшие подробности из книги Скитер, в том числе утверждая, что Ариана Дамблдор никогда не училась в Хогвартсе. Дамблдоры объявили её больной, но кузен Мюриель, работавший в клинике святого Мунго, рассказал ей, что Ариана никогда не лечилась в клинике, так что её, по всей видимости, скрывали от посторонних. На похоронах Арианы Аберфорт обвинил Альбуса в её смерти и сломал ему нос. Мюриель объясняет это так: Ариана была сквибом. Вместо того, чтобы помочь ей устроиться в магловском обществе, как это принято, её прятали и держали взаперти. Гарри Поттер не знает, чему верить. Кроме того, выясняется, что Дамблдоры жили в Годриковой Впадине, там же, где Поттеры и Батильда Бэгшот, послужившая источником информации для Риты Скитер. Эта новость ещё больше укрепляет Гарри во мнении, что Дамблдор слишком много скрывал от него.
В конце свадьбы приходит сообщение: Скримджер убит, Волан-де-Морт получил контроль над министерством. Появляются Пожиратели Смерти. Гермиона хватает Гарри и Рона и трансгрессирует их на Тотнем-Корт-роуд, но там они тоже встречают Пожирателей Смерти. В результате Гарри, Рон и Гермиона отправляются в дом Сириуса, который теперь является для них наиболее безопасным местом.
Гарри исследует дом. В комнате Сириуса он находит письмо Лили Сириусу. В нём он узнаёт, что его мать что-то узнала от Батильды Бэгшод насчёт прошлого Дамблдора. Но Гарри не находит конец письма. Также он находит обрывок фотографии.
Исследовав дом, они понимают, что Р.А.Б. — это Регулус Арктурус Блэк, брат Сириуса, бывший Пожиратель Смерти. Им удаётся добиться от домовика Кикимера подробного рассказа о судьбе украденного крестража.
Оказалось, что Кикимер помогал Волан-де-Морту проверить защиту медальона. Волан-де-Морт приказал Кикимеру выпить зелье из чаши и оставил его умирать. Но Кикимер трансгрессировал к хозяину (эльфы могут трансгрессировать даже тогда, когда люди не могут). Когда Регулус решил уничтожить крестраж, он отправился с Кикимером в пещеру, сам выпил зелье из чаши и погиб, но перед этим подменил медальон и приказал Кикимеру уничтожить настоящий. Кикимер так и не смог уничтожить его, и в конце концов медальон отобрал Наземникус Флетчер. Гарри дарит фальшивый медальон Кикимеру. Кикимер признаёт в Гарри настоящего хозяина.
По приказу Гарри Кикимер находит Флетчера и доставляет его в дом Сириуса. Наземникус рассказывает, что отдал медальон в качестве взятки сотруднице Министерства Долорес Амбридж.
Гарри, Рон и Гермиона продолжают жить в доме Сириуса. Пожиратели Смерти не могут войти в него, но стоят на дежурстве у входа. Наступает 1 сентября. Дела Хогвартса плохи: директором назначают Северуса Снегга, преподавателем защиты от тёмных искусств (которое фактически превратилось в изучение самих тёмных искусств) — Пожирателя Смерти Амикуса Кэрроу, а учителем магловедения — его сестру, Алекто. Маглорождённых выгоняют из школы, отбирая волшебные палочки. Гарри, Рон и Гермиона решают проникнуть в Министерство магии, чтобы завладеть крестражем. После подготовки они принимают оборотное зелье и под видом трёх сотрудников министерства попадают внутрь. Они забирают медальон и спасают маглорождённых, находившихся в Министерстве магии, но случайно открывают расположение дома Сириуса Пожирателям Смерти. Теперь они вынуждены скрываться, жить в палатке, каждый день трансгрессируя на новое место и рассчитывая на защитные заклинания.
Через несколько месяцев такой жизни Рон, на которого влияет крестраж, становится капризным и раздражительным. Гарри, Рон и Гермиона подслушивают разговор гоблинов и людей, скрывающихся от Волан-де-Морта в том же лесу. Они узнают, что меч Годрика Гриффиндора, хранящийся в банке Гринготтс, — подделка. Кроме того, они находят способ общаться с портретом Финеаса Блэка в Хогвартсе, узнав от него некоторые новости о жизни школы, а также то, что настоящим мечом Гриффиндора Дамблдор уничтожил кольцо Марволо Мракса. Гарри и Гермиона ликуют: теперь они знают, как уничтожать крестражи. Рон устраивает скандал, заявляет, что их скитания практически безрезультатны, а Гарри повёл друзей за собой, не имея никакого плана действий. Они ссорятся, и Рон уходит.
Гарри и Гермиона решают посетить Годрикову Впадину, надеясь найти меч или информацию о крестражах. Они идут на кладбище, где похоронены родители Гарри и родственники Дамблдора. На кладбище, на могиле некоего Игнотуса Певерелла, они встречают уже знакомую им метку Грин-де-Вальда. Затем они встречают Батильду Бэгшот, следуют за ней, но попадают в ловушку: тело Бэгшот оказывается лишь оболочкой, оставшейся от умершей Батильды и ныне лишь служащей вместилищем для змеи Волан-де-Морта. Змея пытается силой задержать Гарри до прибытия Волан-де-Морта, но Гарри с Гермионой удаётся бежать, причём в бою со змеёй ломается палочка Гарри.
Однажды ночью, карауля палатку, Гарри видит патронуса в форме лани. Патронус ведёт Гарри к замёрзшему озеру, на дне которого лежит меч Гриффиндора. Гарри ныряет за ним, но медальон-крестраж начинает его душить. Внезапно появляется Рон, спасает Гарри и вытаскивает меч из пруда. Рон разбивает крестраж мечом, причём магия крестража пытается препятствовать этому, искушая Рона миражами. После этого Рон рассказывает, что ушёл в дом Билла и Флёр, но затем ощутил раскаяние в своём уходе и вскоре после этого обнаружил, что делюминатор способен указать ему местонахождение Гарри и Гермионы.
Гермиона замечает в книге сказок, оставленной Дамблдором, метку Грин-де-Вальда. Она решает поговорить о метке с Ксенофилиусом Лавгудом.